La Fondazione, come meglio specificato nello Statuto (cui si rinvia, in questo sito), è amministrata da un Consiglio di Amministrazione composto da un presidente e da due consiglieri, che ne ha la rappresentanza legale e i più ampi poteri per l’ordinaria e la straordinaria amministrazione.
     Il controllo contabile è esercitato da un Collegio di revisori dei conti, formato da tre membri, tra i quali viene eletto un Coordinatore, responsabile della gestione del patrimonio dell’Ente.
     La pratica realizzazione della politica della Fondazione e il perseguimento degli scopi istituzionali e statutari dell’Ente sono affidati a un Direttore Generale, scelto preferibilmente tra i discendenti in linea retta di Natale Ferrara.
Per motivi di opportunità e per strategie puramente logistiche l’Ente è amministrato e rappresentato dal Costituente, il notaio Andrea Ferrara, per il primo quinquennio dalla sua nascita. In questo periodo transitorio spettano al Costituente il titolo, i poteri e le responsabilità tutte del Presidente della Fondazione.
     Motivo di onore e orgoglio per la Fondazione è avere un Comitato dei Garanti scelti tra personalità eminenti del mondo della cultura, accademico e universitario.
     A nominare un Comitato Scientifico provvederà in tempi brevi il Direttore Generale, e – nel periodo transitorio fino al 31 dicembre 2010 - il costituente nella sua qualità assunta di Presidente a qualsiasi effetto. Il Comitato Scientifico sarà composto da illustri medici, farmacisti e operatori sanitari in generale. E sarà composto – salve eventuali future variazioni - da un numero di membri non inferiore a tre.
     Il logo e simbolo ufficiali dell’Ente è rappresentato da un quadrangolo che poggia con un vertice perpendicolarmente ad un piano orizzontale, iscritto in un doppio cerchio ove campeggia la dizione “FONDAZIONE MEDICA NATALE FERRARA”. Il tutto in colore rosso sangue e in ispirazione al nuovo simbolo della Croce Rossa Internazionale.